Да, у Яндекса другая проекция - тоже Меркатор, но эллиптическая, а не сферическая.
https://tech.yandex.ru/maps/doc/theory/concepts/co...
Она более точная, но мало распространена и вот есть нюансы с совместимостью.
Конкретно с OL плотно дел не имел, но полагаю ответ надо искать где-то тут:
https://openlayers.org/en/latest/apidoc/ol.proj.html
Если бы использовался Leaflet, тогда
leafletjs.com/reference-1.0.3.html#projection
leafletjs.com/reference-1.0.3.html#crs 
