Исторически сложилось.
Предполагалось, что веб-сервер - лишь один из серверов, которые висят на вашем доменном имени.
Например, есть компания с доменом company.com
www.company.com - веб-сайт компании
smtp.company.com и pop.company.com - почтовый сервер компании
ftp.company.com - файловый сервер компании
ns.company.com, jabber.company.com, irc.company.com и так далее - куча разных других сервисов у той же самой компании.
На практике же сегодня большинство сайтов - это только сайты, у них нет никаких других сервисов. Очень мало кто держит свой публичный почтовый или файловый свервер. Поэтому company.com === www.company.com
