dodo512

Без всяких if просто отдельный location.

location = /bitrix/admin/1c_exchange.php {
    auth_basic off;
    
    fastcgi_pass php-fpm:9000;
    include fastcgi_params;
    fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
}

Шаблон ^(?<name>\w\d+) никогда не совпадёт с строкой shop1 https://regex101.com/r/4rLjsI/1
После \w нужно добавить +

^(?<name>\w+\d+)

location / {
        try_files $uri $uri/ /index.php?$query_string
        gzip_static on;
    }

Тут после /index.php?$query_string нет ; так что следующая строка трактуется как продолжение списка адресов для try_files и запросы в итоге перенаправит на on отсюда и ошибка 404.

location / {
    root /home/apps/project1/public;
}

location /project2 {
    alias /home/apps/project2/public;
    try_files $uri /index.html =404;
}

location /project3 {
    alias /home/apps/project3/public;
    try_files $uri /index.html =404;
}

Если там максимум 2 вхождения "HELLO".

map $args $replace {
volatile;
default  $args;
~^(.*)HELLO(.*)  "$1NO$2";
}


server {
    location /server/load.php {
        rewrite ^ $uri?$replace?;
        rewrite ^ $uri?$replace? break;
        
        proxy_pass localhost:88;
        proxy_set_header Host $host:$server_port;
        proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
    }

if ($request_uri ~ "^/\?(?!preview|mvc|utm_source)") {
    return 403;
}

limit_req_zone

Запросы с пустым значением ключа не учитываются.

Нужно с помощью map для запросов с method=phone ставить $binary_remote_addr в качестве ключа limit_req_zone, а для всех остальных запросов возвращать пустую строку.

map $arg_method $var {
    default  "";
    "phone"  $binary_remote_addr;
}

limit_req_zone $var zone=perip:10m rate=5r/s;

server {
    rewrite ^/([^/]+)/([^/]+)/([^/.]+)$  /index.php?get1=$1&get2=$2&get3=$3;
    rewrite ^/([^/]+)/([^/.]+)$          /index.php?get1=$1&get2=$2;
    rewrite ^/([^/.]+)$                  /index.php?get1=$1;

    location ~ \.php$ {
        include snippets/fastcgi-php.conf;
        fastcgi_pass unix:/var/run/php/php7.4-fpm.sock;
    }

location ~ /\. {
                deny all;
}

Шаблон /\. ловит любые адреса где после слэша идёт точка.
https://regex101.com/r/z4phhw/1

location ~ \.php$ {
    include fastcgi_params;

В файле fastcgi_params есть fastcgi_param REQUEST_URI $request_uri;
Переменная $request_uri всегда хранит первоначальный URI запроса.
Так что и в $_SERVER['REQUEST_URI'] всегда будет первоначальный запрос и никакие rewrite его не меняют.

Тут поможет map.

map $request_uri $_fix_request_uri {
    default $request_uri;
    ~^/mcs/users(/graphql/.*)$ $1;
}

server {
    location ~ \.php$ {
        include fastcgi_params;
        fastcgi_param  REQUEST_URI  $_fix_request_uri;

server {
    listen 80;
    server_name example.com www.example.com;
    root /var/www/example.com;
}

server {
    listen 80;
    server_name *.example.com;
    root /var/www/$host;
}

server {

    location / {
        try_files $uri $uri/ @rewrite;
    }

    location @rewrite {
        rewrite ^/(.*) /index.php?altum=$1;
    }
    
    location ~ \.php$ {
        ...
    }

Или

server {
    
    location ~ \.php$ {
        ...
    }

    location ~ ^/(.*) {
        try_files $uri $uri/ /index.php?altum=$1&$args;
    }

Или

map $uri $_uri {
~^/(.*)  $1;
}

server {

    location / {
        try_files $uri $uri/ /index.php?altum=$_uri&$args;
    }

    location ~ \.php$ {
        ...
    }

map "$remote_addr;$args" $var {
    default 0;
    "~^94\.143\.197\.26;full_slug=[^&]*&cat=-1&page=\d*$"  1;
}

server {

    location = /seek {

        if ($var) {
            return 403;
        }

        rewrite ^ /index.php;
    }

    location / {
        try_files $uri $uri/ /index.php?$args;
    }

location /client/dev {
        alias /var/www/site.ru/build;
        try_files $uri /index.html =404;
}

Или

location /client/dev {
        alias /var/www/site.ru/build;
        try_files $uri /client/dev/index.html;
}

rewrite ^(/(?!bitrix)[^.]*[^/])$ $1/ permanent;

rewrite ^(/(?!api|admin|storage)[^.\?]*[^/])$ "$1/" permanent;