Объекты можно скрывать не только в объектном режиме, но и в режиме редактирования, что вы и сделали (только это не объекты, а часть меша, просто не связанная полигонами с остальными частями). Объекты, скрытые в режиме редактирования вновь становятся видимыми в режиме объекта.
Решение - ALT-H в режиме редактирования. Дальше - удаляйте эти меши или отсоединяйте от этого меша.
