Тогда чем это лучше хранения в структуре каталогов по хешу (например) или по имени автора?
Пример:
А - Ак - Акунин Б. - все книги.
И структурировано и понятно и прямой доступ к книгам без распаковки даже сторинга.
Не вводите в заблуждение. Синапитик - всего лишь другой установщик пакетов. Если уж хотите по правильному - то из консоли apt-get instal ...
А по проблеме - нажмите Esc или Tab и у вас уберется заставка. Там можно прочитать, что пошло не так. Дальше попробуйте нажать Ctrl+C. Система должна загрузиться. Дальше читайте логи того, что не смогло грузануться и принимайте решение, что и где надо исправить.
Копия выкачана была с сайта или оригинальные исходники? Если копия оригинальная, то сравнить с тем, что на сайте. Ну и логи почитать на предмет странных запросов, чтоб понять как внедрили код.