У меня похожая ситуация, только сайты расположены таким образом: /var/www/[name-site.ru]/.index.js.
Чтобы приложение не падало в .index.js добавлено:
process.on('uncaughtException', function (err) { console.log('Caught exception: ' + err); });
Автостарт сайтов при загрузке системы происходит с помощью самописного скрипта — /etc/init.d/nodejs.