Я запутался в последовательности. Вы сначала делаете бинарник с помощью $loginEncoded = base64_encode(hash('sha256', 'пароль', true)); а потом пытаетесь его через mcrypt зашифровать и сохранить?
Может дело в том, что mcrypt не может нормально сохранить то что вы ему даете.
Почему бы вам не воспользоваться средствами криптования, встроенными в мускл? https://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/encryption...
Расскажите как у вас происходит merge из dev ветки в qa/production. Вы делаете полный merge всей dev ветки или при помощи cherry-pick?
Сам с гитом работаю относительно недавно, но вопрос merge части коммитов из дева меня смущает до сих пор.