Многоцветные, как правило, не нуждаются в изменении цветов через css. Но иногда бывает.
Я в своих иконках использую только заливку (без обводки). Это немного упрощает управление.
Удаляю атрибуты заливки только черным цветом
$('[fill="#000"]').removeAttr('fill');
$('[fill="#000000"]').removeAttr('fill');
Черный - это дефолтный цвет и он не нужен, только мешает переопределению в css.
Всё, что не черное — цветное, и попадает в спрайт как есть.
Базовый стиль для заливки иконок
fill: currentColor
думаю, понимаете, в чем сила.
Особые иконки, в том числе многоцветные, требующие нестандартного поведения или управления цветом, правятся вручную — элементы группируются и им назначаются отдельные классы, с помощью которых происходит переопределение свойств в css.