Вопрос, почему в Win не работает, а в Ubuntu работает, так и останется загадкой.
Но зато нашёл, что нужно сделать, чтобы в Win таки заработало.
Для этого применил другую реализацию socks для NodeJS:
https://github.com/sequoiar/socks5
Под Win с общесистемными настройками proxy заработало во всех браузерах.
