На мой взгляд, анимировать лучше при помощи css - более производительно, а запускать и/или останавливать анимацию при помощи добавления/удаления к элементу какого-нибудь css класса.
Например, чтобы запустить анимацию на странице, можно в нужный момент добавить контейнеру или объекту класс типа "-animation-active", и далее руководствоваться css для анимирования элемента. Если это решает вашу задачу, то лично я не вижу необходимости тянуть jQuery ради одной строчки кода, которая реализуема и без него.
Изначально, если обратиться к истории возникновения jQuery, он был написан для кроссбраузерности, а после уже оброс всякими плюшками и удобствами. Иными словами, jQuery действительно полезная и удобная штука, но только там, где он действительно нужен. Выбирайте инструмент исходя из задачи, а не наоборот.