Openssl при конвертации из pkcs12 зачем-то лепит в PEM файл еще и Bag attributes (определенные свойства контейнера pkcs12 в текстовом виде).
Ключ можно привести в нормальный вид так:
openssl rsa -in private.key -out private2.key
Сертификат:
openssl.exe x509 -in cert.cer -out certs.cer
Разве что последняя команда для цепочки сертификатов не подойдет, т.к. на выходе только первый будет. Просто откройте cacerts.cer в текстовом редакторе и оставьте только непосредственно серты:
-----BEGIN CERTIFICATE-----
MII....
-----END CERTIFICATE-----
