Сам спросил, сам отвечаю. Для унаследования переменной нужно поставить символ нижнего подчеркивания.

extensions.conf
[from-internal]
exten => _XX.,1,Set(DYNAMIC_FEATURES=fax-send)
exten => _XX.,n,Set(_FAXFILENAME=${CALLERID(NUM)})
[macro-fax]
<....>
exten => s,n,NoOp(${FAXFILENAME})
<....>