В том то и проблема, что ищу что-то подобное, и меня забавляет ситуация, что ведь нет на текущий момент в гугле решения для столь популярной проблемы. Я не поверю, что в среде программистов никто не создал утилит / GUI для решения --reject hunks в удобной форме. Я находил mpatch (https://oss.oracle.com/~mason/mpatch/) и wiggle, это приблизительно то, что нужно, но увы, для Win в удобной GUI обёртке ничего подходящего не нашел. Вот и спрашиваю тут, как другие ребята решают проблемы с .rej гит с помощью каких утилит (если таковы имеются и люди их используют) просто вручную править это само собой, но 90% кода в этих .rej файлах можно скопировать и заменить в коде в нужном месте без каких-либо проблем, и с этой проблемой могли бы справиться автоматические средства вроде Araxis / xdiff без особых проблем, но увы и ах - не нахожу ничего подобного.