Привет! попробовал все как у тебя. Работает и underscore и backbone и с ссылками и без. Странно что у тебя не работает. Еще видел что народ создает _references.js и туда кидают спец ссылки на сторонние js (как у тебя в main.js), может поможет.
Вы знаете я думаю в первом вопросе такой смысл - "Вы можете ставить наш продукт на любой комп не важно где он дома или на работе, но Вы можете иметь его только на одном компе не важно где он находиться". Очень интересно... у меня стоит пиратка и я над этим никогда не задумывался:)