Из документации ClickHouse

Дедупликация данных производится лишь во время слияний. Слияние происходят в фоне в неизвестный момент времени, на который вы не можете ориентироваться. Некоторая часть данных может остаться необработанной. Хотя вы можете вызвать внеочередное слияние с помощью запроса OPTIMIZE, на это не стоит рассчитывать, так как запрос OPTIMIZE приводит к чтению и записи большого объёма данных.

Таким образом, ReplacingMergeTree подходит для фоновой чистки дублирующихся данных в целях экономии места, но не даёт гарантии отсутствия дубликатов.

В запросе делайте группировку по ключу сортировки, если важно получать данные без дубликатов.