Ясно. Имхо главная проблема в желании иметь .git/ в продакшн проекте. Это всё равно ущербно — ни один девелопер не должен думать что это нормально делать git pull там. Вполне логично было бы держать репу у себя в /home/ а затем рсинкать её когда полностью протестировал текущую ветвь. Или настроить capifony если это частая задача.
А я вот предостерегу. Только ничего конкретного доказать не могу, но поставив 12.04 себе не десктоп + LAMP из пакетов получил Mysql 5.5.24 и головняк с ним. Некоторые SQL (работающие на 5.1) порой роняют mysql сервер. Что-то связанное с внешними ключами. Пока сильно не копал (в логи смотрел — ничего не пишет), но осадок неприятный.
Я бы делал: Win+R «msconfig» Enter, отключить всё в «Автозагрузка», удалить файл, перезагрузиться. Если помогло — включай назад половину и проверяй снова.
Если не помогло — выложи файл куда-то, «пустой» 2кб звучит сомнительно :)
