Я установил и добавил в CodeSniffer.conf PHPCompatibility. После этого плагин phpcs начал ругаться, что "Referenced sniff "PHPCompatibility.PHP.RemovedExtensions" does not exist"...
Убил на это всё целый день, но потом нашёл у себя в теме, сделанной на основе underscores, файл phpcs.xml.dist - в котором и был этот депрекейтед PHP.RemovedExtensions. Удалил файл phpcs.xml.dist из папки темы - плагин ругаться перестал, валидация заработала как надо.