Я пользовал и redmine обычный и jira. Как и выбор любого массовый и широкоиспользуемого инструмента - вопрос религиозный скорее. Мне redmine больше понравился, но в моем случае это не совсем сравнимые вещи были.
Я бы ориентировался на то, с чем больший опыт есть у команды, есть ли кто может минимальные задачи по поддержке решать.
Если и тут одинаковы, то выбирал бы по стоимости и к чему у самого душа лежит.
