Была похожая проблема. Если оба диска IDE, на одном шлейфе, то когда по ошибке их выставляешь в одинаковый режим (оба мастера, или оба слейва), происходит "немного магии", и оба винта теряют данные. Восстановить можно только "руками". То есть я сам через WinHex находил потерянные разделы, находил в них нужные файлы, и восстанавливал их. Если конечно от них что то оставалось.