git add -A попробуй. Может поможет. Гит сам вроде говорит об этом даже.
«warning: You ran 'git add' with neither '-A (--all)' or '--ignore-removal',
whose behaviour will change in Git 2.0 with respect to paths you removed.
Paths like ' *path* ' that are
removed from your working tree are ignored with this version of Git.
* 'git add --ignore-removal *pathspec*', which is the current default,
ignores paths you removed from your working tree.
* 'git add --all *pathspec*' will let you also record the removals.
Run 'git status' to check the paths you removed from your working tree.»
У меня постоянно выходит такое если что-то удалено. Он не хочет коммитить ничего пока не сделаешь как я писал выше.
Еще есть git reset HEAD *file* - это вытаскивает из коммита файлы. Т.е. они вообще выходят из текущего отслеживания и не будут учитываться в следующих раз, если даже их изменишь.
Только будь аккуратнее с этим. А то поломаешь половину проекта, потом откатывать придется. Сначало разберись что удаленное ненужно, а то может что-то нужное удалилось. Если отправишь этот коммит, то все синхронится и в репозитории и на боевом серве. Если в команде работаешь - по шапке получить можешь от коллег.