Отталкиваться в первую очередь от проблем с безопасностью.
Там где их меньше, и скорость реагирования авторов выше ту и брать.
Знаю о CPanel как о системе которая доставила массу проблем хостерам. Существует даже два червя которые распространяются благодаря ей. Уязвимости конечно уже закрыты, тем не менее ошибки были настолько критическими и настолько тривиальными, что лично мы с CPanel завязали навсегда.