Когда делаешь ctr+c, не факт, что убьешь процесс. С питоном(выше 3.4) такие "шутки" проходят, а вот 2.7 останется. Будет в памяти торчать.
Проверь:
top|grep python
19884 fil 20 0 31308 8680 4580 R 25,0 0,2 0:00.04 python3.6
20091 fil 20 0 31700 9000 4840 R 1,7 0,2 0:00.05 python3.6
20105 fil 20 0 26236 7716 4484 R 1,0 0,2 0:00.03 python3.6
20091 fil 20 0 53388 11872 6672 S 1,0 0,3 0:00.08 python3.6
А процессы не умерли.
subprocess.Popen("exit 0", stderr=None, stdout=true, shell=true) в конце проги написать можно, но будет жрать