Сергей delphinpro

Для шаред хостингов только два варианта наверное.
1. Локальный гит + синхнозиция в ftp-клиенте.
2. Репа на гитхабе (либо другом сайте) + webhook + php скрипт на хостинге
Скрипт по хуку выкачивает репу (в bitbucket, кстати, есть api) и разархивирует на хостинге. Скрипт написать самому или поискать, вполне может быть, что кто-то уже заморочился с подобной вещью.

Если проект только свой, - делаете так как вам удобно.
Если работает команда, то договариваетесь вместе с командой.
Если предполагается выкладывать на публику, то в репе не должно быть ничего лишнего. А значит весь мусор в виде конфигов используемых программ пишем в гит-игнор.

SourceTree
Это GUI для гита под винду. Уведомлений не показывает. Но в интерфейсе видно незакоммиченные файлы, также умеет отслеживать удаленные репозитории на наличие новых коммитов и показывает их наличие значком на кнопке пулла.

HEAD is now at - вы откатились. Но если будете комитить новые изменения, вам нужно будет создать новую ветку в этом месте, иначе куда комитить?
Чтобы создать ветку (сразу или позже пред коммитом) используйте команду git checkout -b

Вообще стоит почитать это https://git-scm.com/book/ru/v1 Там все расписано для начинающих.

Добавьте еще один ориджин и из него пуляйтесь
git remote add https://.....

никуда ваши изменения не исчезли. Вы их просто "спрятали". После того, как сделаете pull, вы можете снова применить ваши "спрятанные" изменения git stash apply.
Можно прятать несколько состояний, а их список смотреть командой git stash list.
Удобная штука :)