XCOD3687, в php.ini обычно уже указаны все стандартные расширения. Некоторые закомментированы (отключены). Просто раскомметировать и всё.
Я не вижу, что тут надо раскладывать по полочкам. Если у вас есть конкретная проблема - задавайте новый вопрос, в котором детально всё опишите.
Василий Банников, SourceTree не идеальный клиент. Иногда глючит, вылетает, закладки теряет (правда в последних версиях намного стабильнее стал).
Но там есть киллер-фича (для меня) - построчный стейдж. Выделил строки - добавил в стейдж для коммита. Или наоборот, отменил изменения построчно. В консоли это делать очень муторно. В других бесплатных клиентах я такого не нашел.
Люблю чистые коммиты, а не так, чтобы все сразу сваливать. Плюс удобно отслеживать отладочных код. Если забыл удалить какой-нибудь dump() или console.log, то просто не коммитишь эту строчку.
Проблема в том, что любое взаимодействие с БД происходит через мой сервер
Это действительно проблема. Я, например, ни за чтобы не доверил доступы к своей базе левому сервису. Это первое. И второе. Доступ к базе часто ограничен локальным айпи. И ваш сервис просто не сможет к ней подключиться.
Управлять базой из клиента (браузера) совершенно нормально. Яркий тому пример - phpMyAdmin или Adminer.
Но ваш кейс мне непонятен. Что означает "Делаю приложение с помощью которого можно управлять базой данных". В каком виде это приложение доставляется пользователю?