/ <-- корень сервера (корневая папка для сайта, не Unix Root конечно)
public/ <-- DOCUMENT_ROOT
css/
js/
img/
index.php
robots.txt
и т.п.
src/ <-- исходники для фронта
sass/
js/
app/ <-- php файлы/классы и т.п.
vendor/ <-- пакеты из композера
node_modules/ <-- пакеты из npm для фронта
…любые другие файлы и папки
То есть — повысить свою квалификацию =)
Еще один из способов снижения зависимости от разработчика — жесткое требование документировать весь новый код/функционал, чтобы новому разработчику было проще стартовать.