Вадим, Нет, это вы не понимаете =)
Взять к примеру джумлу. Для вывода меню используется вполне определенная структура. То же самое для модулей и прочего. Если сделать верстку с учетом этих особенностей, то она встанет легко и просто. Если нет, то придется при интеграции делать лишнюю работу, переопределяя модули, компоненты и т.п. Иногда все равно придется это делать, но зная систему, можно сделать верстку, требующую минимальных усилий для интеграции.
Та же хрень с битриксом.
на сервере должен уже быть репозиторий.
Добавляете его себе в локальный как origin (ну в принципе любое имя можно, origin - это по умолчанию), потом пушите в него со своего компа.
Вадим, Есть. В CMS есть шаблоны. Там используются определенные css-классы. Их нужно учитывать.
Можно, конечно, и полностью все с нуля наверстать, но потом будет сложнее прикрутить эту верстку к cms.
Я не знаю конкретно про опенкарт, но под джумлу, битрикс и вордпресс все-таки стоит учитывать, как они работают.