1. Хранение проекта - где?
git. Приватные проекты можно хранить на bitbucket.org, на гитхабе только за деньги. Все желания хранить проекты в гуглдрайвах/дропбоксах/яндексдисках убивай на корню.
2. Ведение проект- как?
гуглодоки для ТЗ
asana или подобное для задач/багов
история изменений кода есть в git, история изменений ТЗ есть в гуглодоках
документацию хранить в коде (docstrings) и генерировать в виде HTML любым подходящим инструментом