1) Отслеживание добавления в корзину лучше всего вешать в функции addToCart (где-то в ява-скриптах шаблона, вроде).
2) Для отслеживания заказа лучше всего вешать на страницу "Заказ оформлен" в таком виде:
<script>
yaCounterXXXXXX.reachGoal('CHECKOUT');
</script>