Была похожая ситуация. Сдела еще проще.
На своей сервере развернули owncloud и там сделали группу. Менеджеры, администраторы и тд. менеджер мог редактировать только свой файл. А администратор любые. Но соответственно это все там настраивается. Очень удобно!
Короче, необходимо автоматически подтягивать обновления программы, и обеспечить при установке подтягивание всех зависимостей? ClickOnce все это умеет, т.е. Visual Studio из коробки.
MySQL proxy — с помощью этого продукта можно незаметно для пользователей перераспределять нагрузки для серверов MySQL, в т.ч. настраивать сложные схемы с распределенными базами.
