Всё верно. pulseaudio до сих пор представляет из себя феерическое говно.

Первое, что я делаю после установки любого дистрибутива — выкашиваю pulseaudio целиком из системы (а заодно и shell из нового гнома). Помогает эта процедура не только скайпу но и ~80% приложений работающих со звуком.