Ну значит запросите у вендора установочный скрипт и реализуйте его в msi. Если заплатили денег - то они должны пойти вам на встречу, если они и дальше планируют продавать этот продукт. А если они не планируют его продавать и не идут на встречу, то реверс-инжиниринг никто не отменял.
