deadended

После длительных пыток, было выяснено, что нужно что-то типа такого:

var citiesContainer = $('#cities')

// вешаем обработчик, который слушает все селекты, у который name начинается на city
// причем не на focus а на change, т.е. фокус без выбора не сбросит ничего.
citiesContainer.on('change', 'select[name^="city"]', myOnfocusHandler) 

function myOnfocusHandler() {
  var changedSelect = this // select в котором произошло событие change
  if ($(changedSelect).val() !== '') { // если что-то выбрано
    citiesContainer.find('select[name^="city"]').each(function(){ // проходим по всем селектам
      if (this !== changedSelect) { // кроме того где произошло событие change
        $(this).find('option').removeAttr('selected') // сбрасываем выбранные опции
      }
    })
  }
}

Демо: https://jsfiddle.net/hjjp9n04/

Но я осмелюсь еще раз предложить select2 или choosen с автодополнением

вот так можно:
$('select:not(:focus, #main_id, #city_id)').val(0).change();

val(0).change() - переводит у выбранных элементов значение в первый option
селектор ":not(:focus, #main_id, #city_id)" - исключает из набора элементы в фокусе и конкретные элементы по id