при загрузке файлов большого размера сталкивался чаще всего с двумя проблемами:
upload_max_filesize и post_max_size. Если в .htaccess позволяет прописать эти директивы, то добавьте
php_value upload_max_filesize 100M
php_value post_max_size 100M
или какие значения вам нужны, если нет, то аналогичные параметры следует изменить в php.ini