1. Проверьте существует ли путь /user/images/logo/
2. Проверьте есть ли права на запись в эту папку для пользователя, от имени которого работает php
Дополнение: для определения расширения файла лучше пользоваться стандартными средствами:
$img_info = pathinfo( $_FILES["filename"]["name"] );
$ext = $img_info["extension"];