Проблема не была была связана с i3wm...
Изначально я запускал систему без менеджера дисплея (DM). То есть сначала вводились логин и пароль а затем командой startx вручную запускался xorg и i3wm. Меня это устраивало, но возникла проблема с программой TeamViewer которая не запускалась без менеджера дисплея
https://community.teamviewer.com/t5/Linux/TeamView...
Устанавливать графический DM мне не хотелось, поэтому выбор пал на nodm
https://wiki.archlinux.org/index.php/Nodm
Он автоматически запускал сессию и решал проблему с запуском программы TeamViewer. И похоже он то и стал причиной выше описанной проблемы, так как после его удаления перезагрузка начала работать нормально.
