Службу, да. Во время перезапуска будут недоступны базы/ящики.
Если у вас DAG, можно вместо этого попробовать перенести базу этого ящика на другой сервер.
А вообще времени-то уж прилично прошло, попробуйте ещё раз отправить письмо, авось рассосались кэши.
Контроллеров только два?
В выводе что-то не видно корневого уровня.
Ну и какой-нибудь "| ft -a Name,FolderAndSubfolderSize", чтоб не 10к символов было.