Была та же проблема на RBD52G-5HacD2HnD при подключенном SSD диске на ext3.
Не нашел способа перезапуска Dude из cli, решил такми образом:
/system scheduler
add interval=1h name=dude_restart on-event="/dude export-db backup-file=/disk1/tmp/dude2.db" policy=read,write \
start-date=oct/20/2018 start-time=22:00:00