JavaFX - не многопоточна, что не касается Swing. Возможно при запуске вашего приложения вы выполняете какую либо длительную работу, что приводит к блокировке обновления UI JavaFX на некоторое время.
Попробуйте ресурсоёмкие операции совершать в отдельном потоке, а если в этой операции задействованы изменения UI, то операции по обновлению UI вызывайте через Platform.runLater()
На примере этого вопроса про ProgressBar, который не обновляется как надо:
stackoverflow.com/questions/27090426/progressbar-i... 
