Это тот случай, когда нужно поднимать резервные копии БД.
Ну а если приспичило восстанавливать данные с повреждённой БД, то тогда
dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/forcing-innodb-rec...
Суть сводится к сохранению данных в дамп в особом режиме, а затем восстановление в свежую БД.
