В формулировке вопроса не всё понятно.
я докупил себе HDD (подключён к SATA 1, при установке Windows 7 на него почему-то пришлось конвертировать его в GPT)
Во-первых, я так понял, вы решили установить ещё одну, вторую, Win7? Зачем???
Во-вторых, зачем размечать HDD в GPT? В те времена, когда Win7 была актуальной, GPT ещё не существовало, так что проблемам при установке неоткуда взяться.
Теперь о том, как бы я сам для себя решал подобную задачу.
1. Все диски размечаю в MBR (GPT я не люблю, хотя возможно,
я просто не умею его готовить. Четырёх MBRовских разделов на диск мне всегда бывало достаточно).
2. HDD разбиваю на 2 раздела - для резерва ОС и для пользовательских данных.
3. Никаких вторых резервных ОС! Для этого достаточно сделать резервную копию первой ОС, которая находится на SSD (естественно, после того, как она наполнена пользовательским софтом, настроена и проверена). Этот бэкап можно просто разместить на HDD (тогда перед употреблением его придётся распаковывать на системный диск), а можно устроить т.н. "горячий резерв" - склонировать "один-в-один" системный SSD-раздел на HDD-раздел, предназначенный для ОС, после чего сделать его неактивным (т.е. незагрузочным, с помощью любого менеджера разделов) и скрытым (с помощью опции "Управление дисками" в ОС), тогда он не будет виден и не будет мешать загрузке. В случае такого "горячего резерва" перейти на него можно снятием скрытия и установкой флага "активный" (с SSD при этом надо поступить наоборот). Всё это занимает несколько минут, после чего комп стартует уже с HDD.