Damir Konkov

Опишите пожалуйста структуру ваших таблиц.

Просто вытащить данные из двух таблиц можно следующим запросом:
SELECT * FROM table1, table2;

Однако судя по тому что у вас в коде фигурирует условие, скорее всего вам нужен запрос с соединением (JOIN)
Пример подобного запроса:

SELECT table1.*, table2.* FROM table1 INNER JOIN table2 ON table1.primary_key = table2.foreign_key

Примеры с JOIN-ами для понимания:
https://stackoverflow.com/a/6294854

Дело в том, что AUTO_INCREMENT - функция используемая для генерации уникального идентификатора, который будет характеризовать новую (вставляемую строку)
А COUNT - функция для получения количества строк в выборке.

AUTO_INCREMENT идентификатор от последней вставленной строки будет совпадать с результатом от функции COUNT только в том случае, если из таблицы не удалялись никакие строки с данными.

Ответ на ваш вопрос:
Если они различаются, значит производились удаления строк из таблицы.
Конкретно в вашем примере удалялось 59922 - 59717 = 205 записей.