RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.example\.ru$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://example.ru/$1 [R=301,L]
Это редирект с сайта "www.example.ru" на "example.ru" для SEO, можно удалить, но думаю проблема не в нем
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-l
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !/bitrix/urlrewrite.php$
RewriteRule ^(.*)$ /bitrix/urlrewrite.php [L]
А этот код для работы ЧПУ Битрикса, если удалить то будут проблемы с ЧПУ. Предположительно проблема тут, но как сделать чтобы этот код не срабатывал на поддомене я не знаю, как-то перебить нужно...
Попробуйте на поддомене создать в корне такой же файл но с этим содержимым
<IfModule mod_rewrite.c>
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine Off
</IfModule>