Всё зависит от ситуации. Предпочтительнее createElement, так как в момент создания сохранится ссылка на элемент для последующей работы с ним. Если работать с этим элементом не нужно, например если с сервера пришел ответ в виде html строки и нужно всего лишь отобразить результат без дополнительных действий, то createElement здесь не нужен.