Использую rsync.
Не как альтернатива, а как дополнение к mercurial. Как средство для таких быстрых обновлений.
Для пущего удобства создал файлик update.sh, который хранится в корне проекта:
rsync -vzPurp --exclude 'files' ./* пользователь@айпишник:/home/путь/к/нужной/директории