Артем Спиридонов

Считается ли такая замена во всех Views приемлемой (правильной) практикой? Делают ли так вообще?

Да. Но это муторно.

Или есть другие способы сделать без замены?

Из href="/* и src="/* убрать слеш - чтобы веб-сервер искал файлы в текущей директории.

В редакторе есть функция автозамены по всем файлам в поддиректории?

Вы принимаете данные из комстроки или из POST?

Для первого случая есть средства для работы с комстрокой. Для второго - $this->input->post('value');

Принимать данные нужно в методе контроллера, в котором вы их обрабатываете. Не в конструкторе, и тем более не в хуке. Это хороший архитектурный подход.

У вас скрипт подвис. ИМХО, дело не в CI.