Скрипт может запустить другой скрипт в отдельном потоке.
Например, если php запускает sh
exec($dir . '/scenario.sh > /dev/null 2>&1 &');
Фрагмент "> /dev/null 2>&1 &" заставит запускающий скрипт не ожидать завершения запущенного.
php может запускать и php.
exec('php script.php > /dev/null 2>&1 &');
Кстати, скрипт может генерировать другой скрипт. Если вам понадобятся идеи такого рода.