Вообщем такое вот решение, правда кривое:
from flask import Flask
from app import db
from app.models import User
from flask_sqlalchemy import SQLAlchemy
import os
app = Flask(__name__)
basedir = os.path.abspath(os.path.dirname(__file__))
app.config['SQLALCHEMY_DATABASE_URI'] = os.environ.get('DATABASE_URL') or \
'sqlite:///' + os.path.join(basedir, 'app.db')
db = SQLAlchemy(app)
with app.app_context():
u = User(username='admin', email='admin@example.com')
db.session.add(u)
db.session.commit()
Правда переменные 'basedir' и 'SQLALCHEMY_DATABASE_URI' были оформлены в config.py
Вообщем insert и select проще делать другими способами.