Не получится, я подумал. У вас же файлы в общем и мелком репозитории могут пересекаться.
По хорошем вам надо переворошить ваши репозитории, реорганизовать их. Иначе ждут всякие неприятности вас, боюсь.
Меня инетресует примерно то же, но для «гетерогенной» структуры репозиториев (svn+git). Можно использовать git submodules. Я правда не понял, что значит «общий корень» в вашем варианте. Мне кажется, что ваш вариант именно git submodules.
