У меня заработала следующая команда:
ffmpeg.exe -y -rtbufsize 100M -f gdigrab -framerate 30 -probesize 10M -draw_mouse 1 -i desktop -f dshow -i audio=" Stereo Mix (Realtek High Definition Audio)" -c:v libx264 -r 30 -preset ultrafast -tune zerolatency -crf 25 -pix_fmt yuv420p screen.mp4
Применяется два фильтра -f gdigrab для захвата видео с экрана и -f dshow для захвата звука