1. попробуйте добавить рубрику в меню уже после установки плагина, который удаляет префикс.
2. скорее всего рубрика будет доступна по двум урлам: с префиксом и без
3. измените category на другое слово в настройках сайта, например, для магазина подойдет shop, для блога blog и т.д.